Owe depozyty immunologiczne inicjują kolejne patologiczne procesy, w których biorą udział komórki żerne, z tym, że to nie tyle zdeponowane kompleksy, lecz tkanka, na której powierzchni się one odłożyły, staje się ofiarą komórek żernych. W ten sposób dochodzi do chorób kompleksów immunologicznych, w których istotną rolę odgrywa także komplement i jego składniki zwane anafilatoksynami. Do chorób z udziałem kompleksów immunologicznych należą kłębuszkowe zapalenie nerek i niektóre choroby drobnych naczyń krwionośnych.

Bywa też, że własne tkanki organizmu, do tej pory tolerowane przez układ immunologiczny, z różnych powodów stają się przedmiotem jego ataku. Autoantygeny albo zmieniają swoją antygenowość, np. w wyniku zetknięcia się z wirusem, albo – nie zmienione – mogą być zaatakowane przez zmienione (zmutowane) limfocyty. Przełamanie tolerancji wobec własnych antygenów prowadzi do chorób z autoagresji. Tak zwana autoimmunizacja to wytwarzanie przez organizm przeciw ciał skierowanych przeciwko własnym komórkom, tkankom i niszczenie ich.