23 lipca w stoczni rozpoczęły się prace przy okręcie, z przewidywanym terminem ich zakończenia w połowie stycznia 1963 roku. left|thumb|Komandor podporucznik John Harvey (na fotografii w stopniu kapitana), dowodzący „Thresherem” w ostatnim rejsie W 1962 roku, stocznia Mare Island przy współudziale Electric Boat opracowała nową niedestrukcyjną technikę badania połączeń wykonanych metodą lutowania twardego stopem srebra, przy użyciu ultrasonografii. Technika ta miała być zastosowana także do sprawdzenia połączeń „Threshera”, jednakże obciążona stocznia, z uwagi na napięty termin oddania okrętu marynarce, starała się ograniczyć zakres testów do niezbędnego minimum. Z tego też względu zaproponowała inspekcję jedynie tych połączeń, które były uszkodzone testami wstrząsowymi i naprawiane w trakcie bieżącego remontu, argumentując, że pozostałe złącza były sprawdzane wcześniej i pomyślnie przeszły ówczesne badania. Biuro Okrętów nie wyraziło zgody na propozycję PNS, wskazując, że już przed rozpoczęciem testów ujawniono 8 wadliwych złączy na około 115, w związku z czym niezbędna jest inspekcja całego okrętu. Portsmouth Naval Shipyard ponownie wyraziła sprzeciw, twierdząc, że całkowite sprawdzenie nie tylko nie jest niezbędne, lecz także uniemożliwi zakończenie przez stocznię prac w przewidzianym terminie.