Siły Powietrzne USA wiedziały, że samolot pasażerski został porwany z rannymi i zabitymi na pokładzie dokładnie 9 minut przed jego zderzeniem z wieżowcem, ale ze względu na wyłączenie transpondera w samolocie nie wiedziały dokładnie gdzie on jest poza otrzymaniem lakonicznej informacji, że leci on w stronę Nowego Jorku. Już po wydaniu rozkazu startu oficer dyżurny dramatycznie żądał i sam szukał dokładnego celu misji. Baza wojskowa Otis jest oddalona od Nowego Jorku o 246 km, co teoretycznie pozwala myśliwcom F-15 dotrzeć na Manhattan w czasie pięć i pół minuty (przy prędkości maksymalnej).
Zderzenie
O godz. 8:46.35 porwany samolot lecący z prędkością około 750 km/h i mający około 40 tys. litrów paliwa uderzył w północną fasadę Wieży Północnej World Trade Center. Trafienie nastąpiło między 93 a 99 piętrem budynku. Wszystkie 92 osoby znajdujące się w samolocie zginęły.
Z powodu ogromnych zniszczeń wieży ludzie nie mogli uciec z pięter, które były wyżej od 92 piętra. Wszystkie schody i windy były zablokowane, co uwięziło 1344 osoby. Setki osób zostało zabitych od siły uderzenia, zaś inne od ognia bądź dymu, a jeszcze inne poniosły śmierć wyskakując z okien budynku.