Dokładnie o godzinie 8:23.38 Mohammed Atta chciał z kokpitu podjąć próbę rozmowy z pasażerami, ale wcisnął niewłaściwy przycisk i tym samym wysłał wiadomość do służby kontroli ruchu lotniczego. Powiedział: [Oni] „mają trochę samolotów, stójcie tylko cicho, a nikomu nic się nie stanie. Wracamy na lotnisko”. Minutę później powiedział: „Niech nikt się nie rusza. Wszystko będzie w porządku. Jeśli ktokolwiek się poruszy, zagrozi sobie i samolotowi. Po prostu tylko stójcie cicho”. Służba kontroli ruchu lotniczego zrozumiała, że samolot został porwany i poinformowała o tym fakcie FAA. Wkrótce potem Atta powiedział: „Proszę wszystkich, by się nie ruszali. Wracamy na lotnisko, nie próbujcie wykonywać jakichkolwiek głupich ruchów”. Pięć minut później Bostońska Służba Kontroli Ruchu Lotniczego poinformowała NORAD, który z kolei wezwał dwa samoloty McDonnell Douglas F-15 Eagle z bazy Otis, by przejęły kontrolę nad lotem. Rozkaz startu myśliwców F-15 wydano o godzinie 8:45.55, jednak było już za późno – AA11 był już nad nowojorskim Manhattanem i uderzył w Wieżę Północną 7 minut i 20 sekund przed ostatecznym wypuszczeniem w misję Eagle’ów F-15.