Dębiński (i in.). Lublin 2008, s. 139–148.. W 1924 przeniósł się na Uniwersytet Stefana Batorego w Wilnie, gdzie objął Katedrę Prawa i Postępowania Karnego; drugą katedrę prawa karnego posiadał prof. Bronisław WróblewskiPrzemysław Marcin Żukowski, Bronisław Wróblewski-Stefan Glaser. Sprawa katedr prawa i procesu karnego na Wydziale Prawa i Nauk Społecznych Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie, „Krakowskie Studia z Historii Państwa i Prawa” 2021, nr 14, s. 331–354..
W końcu 1930 był inicjatorem i jednym z sygnatariuszy listu protestacyjnego środowiska USB (późniejszego niż list profesorów UJ) przeciwko aresztowaniu posłów opozycji i osadzeniu ich w twierdzy brzeskiej (tzw. protest brzeski), a następnie tzw. procesu brzeskiego. Między innymi z tego powodu w 1934, w wieku 39 lat, został przeniesiony na emeryturę, jako jeden z 30 profesorów, których pozbawiono wówczas w Polsce katedr. Od tej chwili aż do wybuchu wojny Stefan Glaser wykonywał praktykę adwokacką w Warszawie, biorąc udział w kilku znanych procesach politycznych, broniąc m.in. Stanisława Cywińskiego, Stanisława Mikołajczyka, Władysława Tempkę. Reprezentował również Stanisława Kota, po jego zatrzymaniu w 1937 r. W tym okresie blisko współpracował ze środowiskiem gen. Władysława Sikorskiego.