Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości parafia od 1920 r. należała do Ewangelickiego Kościoła Unijnego z władzami w Poznaniu. Wchodziła w skład superintendentury (diecezji) Wejherowo Ewangelickiego Kościoła UnijnegoStefan Grelewski, Wyznania protestanckie i sekty religijne w Polsce współczesnej, Lublin 1937, s. 332.. W Gdyni osiedlali się jednak również wierni Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, którzy podejmowali próby zorganizowania własnego polskiego duszpasterstwa. Od 1931 pastorem był ks. Zenon Kuske, który wprowadził nabożeństwa w języku polskim odprawiane co dwa tygodnie; przyczyniło się to do powstania odrębnego polskiego zboru ewangelicko-augsburskiego w Gdyni. W latach 30. XX w. parafia, funkcjonująca od 1937 r. pod nazwą Gdynia-Orłowo, liczyła około 300–340 wiernych.
W okresie międzywojennym kościół był także okazjonalnie udostępniany na nabożeństwa szwedzkie, a na miejscowym cmentarzu grzebano zmarłych w Gdyni zagranicznych marynarzy wyznania protestanckiego. Podczas obrony Gdyni we wrześniu 1939 r. spalona została plebania. Księgi kościelne parafii ewangelickiej z lat 1661–1943 oraz kronika parafialna trafiły do Centralnego Archiwum Ewangelickiego w Berlinie.