Kibuc Kalja powstał w 1931. Jego nazwa pochodziła od łacińskiej nazwy pierwiastku potasu: kalium. Słowo „kalja” jest także akronimem od hebrajskiego zwrotu Kam li-techijja Jam ha-Mawet (hebr. קם לתחייה ים המוות), w dosłownym tłumaczeniu: „Morze Martwe powróci do życia”. W kibucu osiedlali się żydowscy imigranci z Europy. Pracowali oni przy produkcji potasu oraz produkcji rolniczej, dzięki czemu robotnicy mieli świeżą żywność.
Podczas arabskich rozruchów w latach 1936–1939 kibuc nie ucierpiał, ponieważ w tutejszym zakładzie pracowało wielu Arabów z Jerycha. Podczas wojny domowej w Palestynie na początku 1948 droga łącząca kibuc z Jerozolimą została zablokowana przez arabskie milicje, i fabryka potasu zawiesiła swoją działalność. Jedyna komunikacja była utrzymywana przez lekkie samoloty. Podczas wojny o niepodległość w dniu 15 maja siły jordańskiego Legionu Arabskiego przeszły przez most Allenby i wkroczyły w obszar położony wokół miasta Jerycho. Mieszkańcy kibucu prowadzili negocjacje z jordańskimi dowódcami, usiłując uzyskać ich zgodę na zachowanie neutralności tego regionu. Gdy zakończyły się one niepowodzeniem, w dniu 20 maja przeprowadzono ewakuację mieszkańców kibucu. Przewieziono ich barkami na południowe wybrzeże Morza Martwego.