Jordańscy żołnierze i arabscy ochotnicy zajęli, oraz całkowicie zniszczyli kibuc.
Po wojnie sześciodniowej w 1967 Izraelczycy przejęli kontrolę nad tymi ziemiami. 28 stycznia 1968 rząd postanowił przywrócić izraelską obecność w regionie i zatwierdził plan budowy osady o charakterze rolniczo-wojskowym, w której mieli zamieszkać rolnicy-żołnierze Nahal. Osada powstała w sierpniu 1968. W 1972 grupa pierwszych mieszkańców cywilnych osiedliła się w opuszczonej jordańskiej bazie wojskowej. Rozpoczęto wówczas budowę pierwszych domów mieszkalnych, które zostały oddane do użytku w 1974. Nastąpiło wówczas przekształcenie osady w całkowicie cywilny kibuc. Plan rozwoju przewiduje możliwość wybudowania 310 domów mieszkalnych, z których powstało do tej pory 60. Wokół kibucu zasadzono liczne palmy.
Na początku XXI wieku kibuc Kalja nie został uwzględniony w projekcie budowy muru bezpieczeństwa, który ma rozdzielić żydowskie osiedla od terytorium przyznanego Autonomii Palestyńskiej. Dalsze istnienie kibucu jest uzależnione od ustaleń ewentualnego traktatu pokojowego izraelsko-palestyńskiego.
Kultura i sport W kibucu znajduje się ośrodek kultury. W skład zaplecza sportowego wchodzi basen kąpielowy oraz boisko do piłki nożnej.