W okresie od 7 do 9 lipca 1959 w Pelplinie odbył się Synod Diecezji Chełmińskiej, natomiast 22 kwietnia 1960 erygowana została przez papieża Jan XXIII kapituła kolegiacka w Chełmnie. Od 23 października 1960 w diecezji odbywała się peregrynacja kopii obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej, która trwała do 29 października 1961. Po zakończeniu peregrynacji obraz Matki Boskiej Częstochowskiej przekazano w Chojnicach diecezji gorzowskiej. 1 listopada 1964 papież Paweł VI erygował kapitułę kolegiacką kamieńską.
25 marca 1992 bullą Totus Tuus Poloniae populus papież Jan Paweł II dokonał reorganizacji administracji Kościoła w Polsce. W jej wyniku diecezja chełmińska została przemianowana na diecezję pelplińską i zreorganizowana co do struktury. Weszła wraz z nowo powstałą diecezją toruńską w skład nowo utworzonej metropolii gdańskiej. W wyniku reorganizacji większość byłej diecezji (chełmińskiej) pozostała w diecezji pelplińskiej, a część włączono do diecezji toruńskiej (w której znalazła się między innymi była stolica diecezji Chełmża).