Pierwszym biskupem pelplińskim mianowany został dotychczasowy biskup pomocniczy chełmiński Jan Bernard Szlaga, a biskupem pomocniczym przeniesiony z diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej biskup Piotr Krupa.
20 października 1992 erygowana została kapituła kolegiacka w Kartuzach, a 5 grudnia 1992 rozpoczęła się I sesja Diecezjalnego Synodu Plenarnego w Pelplinie. 11 marca 1993 papież Jan Paweł II nadał kościołowi pw. Ścięcia św. Jana Chrzciciela w Chojnicach tytuł bazyliki mniejszej.
Historycznym wydarzeniem w dziejach diecezji była wizyta papieża Jana Pawła II w Pelplinie, która miała miejsce 6 czerwca 1999. Rok później, 6 czerwca 2000 zakończony został uroczyście I Synod Diecezjalny, a 18 października 2000 bp Jan Bernard Szlaga erygował kapitułę kolegiacką w Koronowie. 5 marca 2011 koronowska kolegiata pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny została ogłoszona przez papieża Benedykta XVI bazyliką mniejszą.