W drugiej połowie XIII wieku powstał murowany budynek kościoła, a w drugiej połowie kolejnego wieku został on rozbudowany i przybrał formę trójnawową z wieżą. W tym czasie zaczął być również nazywany kościołem zamkowym. W 1433 roku kościół otrzymał swój pierwszy dzwon. W latach 1465–1469 Mikołaj Hoferichter i Mikołaj Fischer prowadzili prace budowlane mające na celu poszerzenie i podwyższenie budynku. W ostatnim roku ich prac otrzymał on nowe, krzyżowe i gwiaździste, sklepienia. Wybudowano także prezbiterium. W 1473 roku kościół został wyposażony w drugi dzwon.
Okres Podiebradów i protestantyzmu W latach 1500–1510, już po objęciu władzy w księstwie przez Podiebradów, kościół przeszedł kolejną przebudowę. Dobudowano nawę północną, dwie kaplice, kruchtę, drugą zakrystię, wyposażono go w chrzcielnicę, a książęca rodzina ufundowała nowy ołtarz. W 1521 roku na wieży zawieszono trzeci dzwon. W pierwszej połowie XVI wieku, w okresie panowania Jerzego Podiebradowicza, w Oleśnicy na popularności zyskiwały nauki Marcina Lutra. Wśród rodziny książęcej były one propagowane przez nadwornego nauczyciela Jana Hessa. W 1538 Podiebradowie wydalili z księstwa duchownych katolickich. W tym samym roku świątynia przeszła w ręce protestantów, a jego patronem stał się św. Jan Chrzciciel. Podiebradowie założyli w kościele także swoją kryptę rodową.