W 1555 roku w prezbiterium rozpoczęto prace nad polichromią z drzewem genealogicznym księcia Jana Podiebradowicza. Prace nad nim zakończono po trzech latach. Dzieło zostało prawdopodobnie zamalowane lub usunięte w XIX wieku. W latach 1557–1558 kościół otrzymał nowe pokrycie dachowe – ceramiczne, a także umieszczono w nim grobowiec dla księcia Jana i jego żony Krystyny Szydłowieckiej. W 1563 roku książę Jan ufundował czwarty dzwon kościelny. mały|Łącznik pomiędzy zamkiem (po lewej) a kościołem (po prawej) mały|Widok na zachodnią nawę kościoła i emporę z malowidłami W 1594 roku książę Karol II Podiebradowicz założył nową publiczną bibliotekę, którą umieścił w kruchcie południowej, gdzie znajduje się cały czas (tzw. biblioteka łańcuchowa). To jedna z kilku bibliotek łańcuchowych na Śląsku (jedyna, która zachowała się w miejscu swojej oryginalnej lokacji), w której książki, z racji na swoją cenę, przytwierdzane były łańcuchami. W dniu otwarcia liczyła 550 ksiąg, z których do XXI wieku przetrwało 239. Na Śląsku tego typu biblioteki istniały jeszcze we Wrocławiu, Brzegu, Legnicy czy Złotoryi.