Jednak w wypadku legnickiej wszystkie zbiory po II wojnie światowej wywieziono do Biblioteki Uniwersyteckiej we Wrocławiu, księgi ze Złotoryi przeniesiono do Biblioteki Narodowej w Warszawie, we Wrocałwiu uległy one zniszczeni lub zostały przeniesione do Biblioteki Uniwersyteckiej.
W latach 1596–1607 w kościele wzniesiono manierystyczną emporę, za której dekorację odpowiadał Fryderyk Lochner. Umieścił on na niej starotestamentowych proroków i świętych z Nowego Testamentu. W 1605 roku książę Karol II i jego żona Elżbieta Magdalena lub mieszczanie oleśniccy sfinansowali budowę późnorenesansowej, manierystycznej ambony, którą wykonał rzeźbiarz Marcin Riedel z Wrocławia. Za malunki odpowiadał Fryderyk Lochner, a za projekt – Geert Hendrik (Gerhard Hendrick) z Amsterdamu, który wycenił swoją pracę na 400 talarów. Ambona została uznana za najcenniejszy zabytek późnego renesansu na Śląsku. W 1616 roku kościół został połączony z oleśnickim zamkiem łącznikiem dla pary książęcej. Następnie w latach 1619–1620 doszło do przebudowy wieży kościelnej. Nadbudowano ją, a nową kondygnację zwieńczono renesansową galerią i hełmem z latarnią. Na szczycie wieży umieszczono figurę koguta z rozpostartymi skrzydłami i długim ogonem.