Ostatnie lata Po zajęciu Paryża przez niemieckie oddziały dnia 14 czerwca 1940 roku, rodzina Fritza Zuckerkandla uciekła do Algierii. Niedługo potem dołączyła do nich Berta. W Algierii zajmowała się pisaniem artykułów do tygodnika TAM. Pisała o przyszłych zadaniach z dziedziny polityki i kultury, jakie będą czekały Austrię po zakończeniu wojny. Prowadziła również audycję radiową, a także kończyła książkę o Clemenceau. Praca zatytułowana „Clemenceau, tel que je l’ai connu” (Clemencau, taki jakiego znałam) ukazała się w Algierii w 1944 rokuB. Zuckerkandl-Szeps, Clemenceau, tel que je l’ai connu, Algier 1944, s. 23..
W liście do Theodora Csokora z dnia 24 lipca 1945 roku Berta Zuckerkandl wspominała, że to najprawdopodobniej jej ostatni list. Skarżyła się na zły stan zdrowia oraz wspominała, że lekarze doradzają jej powrót do Paryża, gdyż w Afryce nie ma dla niej lekarstwaM. Schulte, Berta Zuckerkandl. Salonière, Journalistin, Geheimdiplomatin, Zurych 2006, s. 231.. We wrześniu Zuckerkandl wróciła do Paryża na pokładzie wojskowego samolotu. Zmarła 16 października 1945 roku. Została pochowana na cmentarzu Père-Lachaise w Paryżu.