W 1895 r. nastąpił podbój państwa Aszanti, gdzie w 1902 r. powstała kolonia Złote Wybrzeże. Chamberlain popierał również II wojnę burską. Mimo niekorzystnego dla Wielkiej Brytanii początku wojny, dzięki aktywnej kampanii Chamberlaina unionistyczna koalicja odniosła zwycięstwo w wyborach powszechnych 1900 r. W tym czasie bez powodzenia próbował doprowadzić do zawarcia sojuszu brytyjsko-niemieckiego.
W 1902 r. lord Salisbury zaczął rozważać rezygnację ze stanowiska premiera. Jako swojego następcę widział swojego siostrzeńca, Arthura Balfoura. Wielu członków gabinetu widziało na tym stanowisku właśnie Chamberlaina. 7 lipca 1902 r. Chamberlain uległ jednak poważnemu wypadkowi. Salisbury, bez porozumienia z gabinetem, udał się do króla Edwarda i złożył na jego ręce dymisję. Za radą Salisbury’ego król mianował premierem Balfoura. Ten pozostawił Chamberlaina na jego dotychczasowym stanowisku.
Wkrótce jednak nastąpił rozłam w łonie koalicji. Przyczyną sporu stał się kształt polityki gospodarczej Wielkiej Brytanii. O ile większość konserwatystów opowiadała się za wolnym handlem, to Chamberlain był zwolennikiem protekcjonizmu. Kiedy w gabinecie większość uzyskali zwolennicy wolnego handlu, Chamberlain podał się we wrześniu 1903 r.