Fiaskiem zakończyły się również próby porozumienia z Partią Liberalną.
W sierpniu 1887 r. Chamberlain wszedł w skład brytyjskiej delegacji na rokowania ze Stanami Zjednoczonymi w sprawie sporu o połowy ryb między Stanami a Nową Fundlandią. W Waszyngtonie Chamberlain oświadczył się Mary Endicott. Ich ślub odbył się w listopadzie 1888 r. W tym czasie Chamberlain zbliżył się do Partii Konserwatywnej, która realizowała wiele jego postulatów wyborczych, m.in. utworzenie rad dla poszczególnych hrabstw. W 1891 r. Chamberlain stanął na czele Partii Liberalno-Unionistycznej w Izbie Gmin. W okresie rządów liberałów w latach 1892–1895 krytykował postulat rządu nadania Irlandii autonomii.
Na czele Ministerstwa Kolonii Po powrocie Partii Konserwatywnej i Partii Liberalno-Unionistycznej do władzy w 1895 r. Chamberlain otrzymał tekę ministra kolonii. Na tym stanowisku działał na rzecz rozbudowy brytyjskiego imperium kolonialnego. Sprzeciwił się jednak rajdowi Jamesona przeprowadzonemu z Kolonii Przylądkowej w głąb republik burskich. W 1896 r. negocjował z rządem amerykańskim warunki ustalenia granic między brytyjską Gujaną a Wenezuelą. W 1899 r. doprowadził do utworzenia Londyńskiej Szkoły Chorób Tropikalnych, która miała za zadanie przeciwdziałać rozprzestrzenianiu się chorób przenoszonych z kolonii.