Były też gorsze momenty, jak wtedy, gdy próbował odrobić straty po słabych kwalifikacjach na torze Assen, storpedował wtedy Jorge Lorenzo przy wejściu do pierwszej szykany, który stracił prowadzenie w mistrzostwach, Bautistę natomiast ukarano, po proteście Yamahy, cofnięciem na ostatnie pole startowe w następnym wyścigu. #19 doczekał się swojego pierwszego podium w Misano, a pod sam koniec roku kolejnego, w Japonii, stoczył tam wspaniały bój z Calem Crutchlowem, któremu zabrakło paliwa na jedno okrążenie przed metą.
W 2013 wciąż prezentował bardzo stabilną formę, co prawda nie gościł na podium w jakimkolwiek wyścigu, ale nie licząc dwóch zerowych dorobków z Włoch i Hiszpanii to nie schodził poniżej 8 miejsca. Natomiast w trzecim sezonie jazdy w Hondzie, hiszpański motocyklista miał pechowe pierwsze trzy wyścigi, których nie ukończył, co praktycznie pozbawiło go walki o czołowe lokaty, później zajmował miejsca w czołowej dziesiątce wyścigów, co dało mu 11 lokatę.
Nowy sezon rozpoczął w nowym teamie u boku Włocha Marco Melandriego – Team Gresini na motocyklu Aprilia. W przeciągu całego sezonu Hiszpan zebrał 31 punktów, co pozwoliło mu zająć 16. miejsce w klasyfikacji generalnej.