Po ponownym włączeniu republiki do ZSRR w 1944 roku został mianowany I sekretarzem Komunistycznej Partii Estonii. W czerwcu 1945 r. zaangażował się w kampanię na rzecz amnestii dla członków zbrojnego podziemia antykomunistycznego (leśnych braci). Likwidacja ruchu partyzanckiego metodami politycznymi miało być dowodem słuszności jego polityki "narodowego komunizmu". W przekonaniu Karotamma aresztowaniom powinni podlegać jedynie dowódcy leśnych oddziałów oraz partyzanci, którzy dokonali zabójstw na komunistycznych działaczach. Z tego powodu I sekretarz KPE pozostawał w konflikcie z republikańskim aparatem bezpieczeństwa – estońskie NKWD dążyło do całkowitego zniszczenia podziemia i wielokrotnie dokonywało aresztowań ujawniających się partyzantów. Mimo to w 1945 r. ujawniło się ponad tysiąc leśnych braci, a większość z nich nie została aresztowanaR. Wnuk, Leśni Bracia, s. 481-482.. W 1946 r. Karotamm opublikował kolejną odezwę z zachętą do ujawniania się, obiecując, że wychodzący z lasów, którzy podczas niemieckiej okupacji służyli w formacjach pomocniczych, nie poniosą odpowiedzialności.