Poeta podupadł na zdrowiu. Przez jakiś czas odwiedzał go przyjaciel – Charles Baudelaire. Leconte de Lisle zmarł nagle 17 lipca 1894 w domu jednej ze swoich przyjaciółek, pani Beer, w Louveciennes koło Wersalu. Pochowany został na cmentarzu w Saint-Paul w rodzinnym Réunion.
Jeden z pomników parnasisty, przedstawiający go w towarzystwie uskrzydlonej bogini, stoi dzisiaj na Jardin du Luxembourg. Drugi pomnik znajduje się w Saint-Denis, na Réunion. W Louveciennes znajduje się z kolei tabliczka pamiątkowa Leconte’a de Lisle’a.
Twórczość Wiersze Charles-Marie-René Leconte de Lisle, „poeta religii” i „poeta krajobrazów”, do dziś uważany jest za twórcę wysoce kontrowersyjnego, a więc takiego, który wciąż wywołuje ogrom sprzecznych, nieraz biegunowo różnych sądów i opinii. Spomiędzy wielu innych powodów, dotyczy to przede wszystkim jego dość niejasnej pozycji w panteonie literatury francuskiej (pomimo powszechnego uznania go za jednego z najwybitniejszych jej przedstawicieli) oraz wielokrotnie błędnych interpretacji jego twórczości.
thumb|left|170px|Hypatia z Aleksandrii na obrazie Charlesa Williama Mitchella; w wierszach de Lisle’a historyczny symbol fatum świata