Wankomycooporność typu A (VanA) Ta nabyta indukcyjna oporność na wankomycynę i teikoplaninę występuje u gatunków faecalis, faecium oraz avium. Końcowy fragment D-Ala-D-Ala jest zamieniony na dipeptyd D-Ala-D-Lac, co uniemożliwia wiązanie antybiotyku, nawet przy jego bardzo wysokich stężeniach. Przenoszenie odbywa się poprzez transpozon Tn1546 obecny na plazmidzie.
Wankomycooporność typu B (VanB) Wankomycooporność B także jest regulowana indukcyjnie, oryginalny dipeptyd zostaje zamieniony na D-Ala-D-Lac, podobnie jak w fenotypie VanA. Induktorem jest jednak wyłącznie wankomycyna (do średnich stężeń); takie szczepy są więc, w przeciwieństwie do klasy A, wrażliwe na teikoplaninę.
Wankomycooporność typu C (VanC) To naturalna oporność występująca u Enterococcus gallinarum, casseliflavus i flavescens, która jest regulowana zarówno indukcyjnie, jak i konstytutywna. Obok fragmentów D-Ala-D-Ala pojawiają się peptydy D-Ala-D-Seryna, w ilości 1:3. Ten fenotyp gwarantuje oporność na niskie stężenia wankomycyny przy całkowitej wrażliwości na teikoplaninę.
Wankomycooporność typu D (VanD) Zamiana peptydu jest podobna jak przy VanB (na D-Ala-D-Lac), a różnice dotyczą zakresu oporności – brak wrażliwości na wankomycynę i teikoplaninę oraz mechanizmu regulacji, który jest konstytutywny.