Scleromochlus był zaliczany zarówno do krokodylej linii archozaurów, jak również tej prowadzącej ku ptakom. Huene uznał skleromochla za przodka pterozaurów, a postulowaną przez niego specjalizację lokomotoryczną za poprzedzającą lot pterozaurów. Yang Zhongjian i Oskar Kuhn zgodzili się z teorią von Huenego, wedle której Scleromochlus jest przodkiem pterozaurów. Alfred Romer niemal dokładnie powtórzył hipotezę von Huenego dotyczącą ewolucji lotu pterozaurów, jednak skleromochla uznawał za prymitywnego dinozaura. Ze względu na specjalizacje czaszki Scleromochlus, upodobniające ją do czaszek aetozaurów, Alick Walker w 1970 roku zaklasyfikował go do grupy archozaurów bliżej spokrewnionych z krokodylami niż z ptakami – nazwanej później Crurotarsi – i przez długi czas była to dominująca hipoteza.
Larry Martin spekulował, że skleromochl mógł być przodkiem ptaków, również Alan Feduccia łączył skleromochla z ptakami, jednak obecnie zdecydowana większość paleontologów jest zgodna, że ptaki są zaawansowaną grupą teropodów z kladu Maniraptora. Kevin Padian zgodził się z von Huenem i na podstawie budowy kończyn oraz ogólnych proporcji uznał skleromochla za przedstawiciela ptasiej linii archozaurów – grupę zewnętrzną dla pterozaurów.