W 1986 Jacques Gauthier ukuł termin Ornithodira dla kladu obejmującego ostatniego wspólnego przodka dinozaurów i pterozaurów oraz wszystkich jego potomków. W 1991 Paul Sereno jako pierwszy formalnie zdefiniował Ornithodira. Wedle tej definicji w skład tej grupy, potencjalnie większej niż Ornithodira w definicji Gauthiera, wchodził Scleromochlus. Sereno uznał rodzaj za grupę siostrzaną pterozaurów, nie był jednak co do tego przekonany i argumentował również za jego bliższym pokrewieństwem z dinozaurami, a także bazalną pozycją w stosunku do obu tych grup. Lars Juul (1994) i Fernando Emilio Novas (1996), podobnie jak Sereno, uznali skleromochla za blisko spokrewnionego z pterozaurami. Kladowi obejmującemu zwierzęta bliżej spokrewnione z pterozaurami niż z dinozaurami – do którego może należeć skleromochl – w 1997 roku Kevin Padian nadał nazwę Pterosauromorpha. Według analizy Bennetta (1996) pterozaury w ogóle nie należą do Archosauria sensu Sereno 1991 i na drzewie filogenetycznym znajdują się pomiędzy Proterosuchidae a Erythrosuchidae, jednak hipoteza ta nie zyskała większego poparcia.