Anwar Ibrahim szybko piął się po stanowiskach rządowych. W 1983 został ministrem kultury, młodzieży i sportu. W 1984 został ministrem rolnictwa, w 1986 ministrem edukacji. W 1991 Anwar objął tekę ministra finansów. 1 grudnia 1993 objął stanowisko wicepremiera. Jego stosunki z premierem Mahathirem były bardzo dobre, często określane jako relacja „ojciec-syn”. W 1997 Mahathir mianował Anwara p.o. premiera podczas swoich dwumiesięcznych wakacji. W 1994 Anwar otrzymał tytuł szlachecki.
Kryzys finansowy Pod koniec lat 90. stosunki Anwara z premierem Mahathirem zaczęły się psuć. Powodem były rozbieżności w podejściu do polityki finansowej i gospodarczej.
W 1997 Azję Południowo-Wschodnią dotknął poważny kryzys finansowy. Anwar, jako minister finansów, poparł plan reformy finansowej zaproponowany przez MFW. Zakładał on zwiększenie inwestycji zagranicznych w Malezji, redukcję wydatków budżetowych i administracyjnych oraz odłożenie w czasie planowanych inwestycji, które były sztandarowymi hasłami premiera Mahathira.
Anwar skrytykował również politykę partyjną UNMO, opierającą się według niego na nepotyzmie i kumoterstwu. Rozpoczął także walkę z korupcją wśród państwowej administracji, domagając się przeprowadzania w przejrzysty sposób audytów w państwowych firmach.