Zarzuty i proces W 1998 w Malezji ukazała się książka pt. 50 powodów, dlaczego Anwar nie może zostać premierem, w której zawarte zostały zarzuty korupcji i sodomii przeciw niemu. 2 września 1998 Anwar został zdymisjonowany ze stanowiska wicepremiera i ministra finansów, a następnego dnia wykluczony z partii UNMO.
Przeciw Anwarowi rozpoczęto śledztwo. Jego dawny autor przemówień oraz adoptowany brat zostali zatrzymani i oskarżeni o uprawianie z nim homoseksualnych praktyk. Zostali oni uznani za winnych i skazani na 6 miesięcy więzienia.
Kilka dni później w Kuala Lumpur odbył się stutysięczny marsz poparcia dla Anwara. Protestujący podeszli pod rezydencję premiera Mahathira, domagając się jego odejścia. Tej samej nocy Anwar został zatrzymany w swoim domu przez specjalne jednostki policji.
29 września 1998 Anwar, z podbitym okiem, stawił się w sądzie, zeznając że jest niewinny zarzucanej mu korupcji i sodomii. W czasie procesu głównym dowodem oskarżenia był materac z nasieniem Anwara, co potwierdziły badania DNAAnwar Ibrahim Anwar trial hears DNA evidence, BC News, 30 grudnia 1998.. Obrona zarzucała spreparowanie tego dowodu poprzez masturbację Anwara (stymulacja prostaty w celu wywołania wytrysku), w czasie kiedy był nieświadomy.