Anwar został także oskarżony o praktyki homoseksualne z szoferem swojej żony.
14 kwietnia 1999 został skazany przez sąd na 6 lat więzienia za korupcję. 6 sierpnia 2000 został natomiast uznany winnym sodomii i otrzymał karę 9 lat pozbawienia wolności. W lipcu 2002 wyrok za korupcję ostatecznie uprawomocnił się, gdyż Anwar przegrał apelację przed Sądem Federalnym.
Amnesty International i Human Rights Watch wyraziły wątpliwości co do obiektywizmu procesu sądowego i uznały Anwara za więźnia sumieniaMalaysia: Double injustice heaped on Anwar Ibrahim, Amnesty International.Human Rights Watch Monitors Second Anwar Trial, HRW, 6 listopada 1999.. Wiceprezydent USA Al Gore określił cały proces jako „kpinę” (mockery)Gore: Anwar trial a 'mockery', BBC News, 9 sierpnia 2000..
Żona Ibrahima Anwara Wan Azizah Ismail w 1999 założyła ugrupowanie polityczne Parti Keadilan Rakyat (Partia Sprawiedliwości Ludowej), która w wyborach w 2004 zdobyła tylko jeden mandat. Uzyskała go właśnie Wan Azizach Ismail.
Zwolnienie z więzienia 2 września 2004 Sąd Federalny Malezji w postępowaniu apelacyjnym unieważnił wyrok skazujący Anwara za sodomię, dopatrując się sprzeczności w postępowaniu prokuratorskim.