Obiektem szczególnych ataków był jeden ze współzałożycieli BTW Witold Czajkowski. Z inspiracji Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego negatywne opinie polityczne w 1951 wystawiono m.in. Ludwikowi Suligowskiemu i Henrykowi Kocerce, którzy zostali odsunięci od wyjazdów zagranicznych, m.in. na olimpiadę w Helsinkach 1952.

W 1949 po reorganizacji polskiego sportu na wzór sowiecki, BTW zostało podporządkowane zrzeszeniom sportowym, początkowo ZS Związkowiec, a po jego rozwiązaniu, od 1 stycznia w 1951 – pionowi sportowemu Związku Zawodowego Metalowców „Stal” pod patronatem Zjednoczonych Zakładów Rowerowych Romet oraz Zakładów Elektromechanicznych Belma. Wioślarską wizytówką Towarzystwa w tych latach była dwójka bez sternika: Bogdan Poniatowski i Henryk Kocerka, a drużynowo osiągnięto 2. i 3. miejsce w kraju (1953, 1954). W latach 1945–1956 zawodnicy zdobyli 21 złotych medali mistrza kraju w konkurencji mężczyzn oraz 3 w zawodach kobiet, zaś tor regatowy w Brdyujściu był widownią najważniejszych zawodów wioślarskich w kraju.