W okresie okupacji niemieckiej klub nie mógł prowadzić działalności. W egzekucjach i na frontach II wojny światowej zginęło 27 członków BTW. Medalista olimpijski Edmund Jankowski w październiku 1939 został rozstrzelany w Dolinie Śmierci pod Fordonemhttp://www.expressbydgoski.pl/sport/a/bydgoskie-towarzystwo-wioslarskie-na-igrzyskach-w-amsterdamie-historia,10803200/ dostęp 19-04-2017.
Galeria - okres międzywojenny
Okres powojenny Podczas walk w styczniu 1945 spalona została dotychczasowa siedziba BTW, oraz zdewastowany tor regatowy w Brdyujściu. Jedyną szansą na odrodzenie BTW było przystąpienie do nowo tworzonego przy magistracie Bydgoskiego Klubu Sportowego i utworzenie w nim sekcji wioślarskiejZbigniew Urbanyi: BTW! Czołem! Lata powojenne (1945-2000) [w:] Kalendarz Bydgoski 2003. Towarzystwo otrzymało wówczas w użytkowanie pałac dawnego niemieckiego Towarzystwa Wioślarskiego „Frithjof”. 7 października 1945 z BKS wyodrębniło się samodzielne Bydgoskie Towarzystwo Wioślarskie działające przy Związku Walki Młodych z prezesem Witoldem Czajkowskim na czele. Byłe działaczki i zawodniczki Bydgoskiego Klubu Wioślarek zrzeszono w sekcji wioślarstwa kobiecego BTWJoanna Nowicka, Tomasz Nowicki: Bydgoski Klub Wioślarek (1926-1996). Analiza startów i osiągnięć sportowych [w:] Kronika Bydgoska XIX.