Gdy rebeliancki rząd miał problemy w czasie Runaway Scrape, misją „Independence” było bronienie Galveston przed inwazją i blokowanie dostaw dla armii Santa Anny znajdującej się w pobliżu.
Po decydującym zwycięstwie w czasie bitwy pod San Jacinto „Independence” przewiózł teksańskiego prezydenta Davida Burneta i jego gabinet, razem ze znajdującym się teraz w niewoli Santa Anną, do Velasco, gdzie wynegocjowano i podpisano traktat z Velasco.
Służba po traktacie thumb|left|225px|Litografia „Independence” jako okrętu flagowego Texas Navy Jako okręt flagowy Marynarki Wojennej Teksasu „Independence” otrzymał zadanie wypełniania misji dyplomatycznych. W czerwcu 1836 szkuner zawiózł komisarzy Petera Williama Graysona i Jamesa W. Collinswortha do Nowego Orleanu w pierwszą część podróży do Waszyngtonu, gdzie mieli negocjować przyłączenie Teksasu do Stanów Zjednoczonych.