W lecie 1836 „Independence” był jedynym okrętem Marynarki Wojennej Teksasu będącym w służbie na wodach Zatoki Meksykańskiej. „Liberty” został sprzedany, by spłacić koszty remontu, a „Invicible” i „Brutus” stały w Nowym Jorku, czekając na remont. Meksykańskie autorytety odrzuciły traktat z Velasco, twierdząc, że generał Santa Anna nie miał uprawnień do podpisania umowy zatwierdzającej odłączenie Teksasu od Meksyku. Wraz z plotkami o bliskiej inwazji Teksasu przez Meksyk „Independence” prowadził służbę patrolową i eskortową w pobliżu Matamoros, portu blokowanego przez Teksańczyków.
Od maja 1836 do kwietnia 1937 jednostka nie miała dowódcy. Na jesieni 1836 szkuner wrócił na remont do Nowego Orleanu. W tym czasie komodor Hawkins zmarł na ospę. 10 kwietnia 1837 wyremontowany i dowodzony przez nowego kapitana George’a W. Wheelwrighta okręt wypłynął z Nowego Orleanu z teksańskim ministrem do spraw amerykańskich Williamem H. Whartonem na pokładzie.