W wyniku II pokoju toruńskiego w 1466 obszar ten został jednak podzielony między Prusy Królewskie a Prusy Zakonne. Do Polski została przyłączona ziemia malborska z Malborkiem, Elblągiem, Dzierzgoniem i Sztumem. Wówczas ukształtowały się na kilkaset lat granice regionu. Okrojone Prusy Górne stanowiły odtąd zachodnią część Prus Zakonnych. Komturia elbląska przeniosła się do Pasłęka, a dzierzgońska do Przezmarka. Z części komturii ostródzkiej wydzielono komturię w Nidzicy.
Marian Biskup napisał na ten temat:
W początkach XVI w. zaczął się więc w gruncie rzeczy wytwarzać podział całości Prus Krzyżackich na trzy większe człony administracyjne: Sambii (wraz z obszarami nadniemeńskimi), Natangii (tj. części Prus Dolnych łącznie z terenem południowych, karczowanych puszcz, tj. późniejszych Mazur) oraz Prus Górnych (oddzielonych klinem biskupiej Warmii od obu pozostałych, a obejmujących także Pomezanię biskupią).
Po sekularyzacji Zakonu w 1525 roku region wszedł w skład Prus Książęcych. Zlikwidowano komturie a księstwo pruskie zostało oficjalnie podzielone na trzy okręgi administracyjne: Sambię (Samland), Natangię (Natangen)Jego obszar różnił się od pierwotnego pruskiego terytorium plemiennego o tej samej nazwie i Prusy Górne (Oberland).