W lipcu 1941 roku w mieście przebywało Einsatzkommando 8 pod dowództwem Otto Bradfischa, które zamordowało ok. 350 Żydów.
Utworzono nowy Judenrat. Wiosną 1942 roku do getta w Baranowiczach Niemcy przesiedlili Żydów z Nowej Myszy, Stołowicz, Nowojelni, Mołczadzi i Klecka oraz Horodyszcza. Do getta przybyli również trzema transportami czescy Żydzi z Theresienstadt. 31 lipca 1942 roku zamordowano ich na uroczysku Gaj na przedmieściach Baranowicz. Zgodnie ze śledztwem przeprowadzonym po wojnie, byli zagazowywani w samochodach wiozących ich na uroczysko. Zamordowano wówczas około 3000 osób.
Kolejną akcję likwidacyjną Niemcy przeprowadzili między 22 września a 2 października 1942 roku. Po pretekstem wysłania do pracy przymusowej. Zgromadzonych Żydów rozstrzelano 3 km od miasta, na polu między wsiami Uznohi, Grabowiec i Gliniszcze. W trakcie tej zbrodni zabito do 5 tys. osób. Było wśród nich 62 lekarzy, 20 inżynierów i 60 nauczycieli. Około 700 Żydów zesłano na ciężkie roboty.