W latach 1994–1996 siły 4 AL brały udział w walkach na terenie Czeczenii, wykonując ponad 13 tys. lotów bojowych z nalotem ponad 21 tys. godzin.
1 czerwca 1998 na bazie sił 4 AL i 12 Samodzielnego Korpusu OPK była sformowana 4 Armia Wojsk Lotniczych i Obrony Przeciwlotniczej. Od 8 sierpnia 1999 do 2003 związki operacyjne, taktyczne i jednostki 4 A WL i OPlot. uczestniczą jako siły ONZ w działaniach w Dagestanie i Czeczenii. 30 grudnia 2002 w skład 4 A WL i OPlot. weszły jednostki lotnictwa Północnokaukaskiego Okręgu Wojskowego.
Od 1993 – 39 żołnierzy i oficerów Armii wyróżniono tytułem bohatera Federacji Rosyjskiej, z nich 17 pośmiertnie. Od 1994 – 2100 żołnierzy i oficerów wyróżniono orderami i medalami za walki w Dagestanie i Czeczenii.
W 2009 4 A WL i OPlot. przemianowano na 4 Dowództwo Wojsk Lotniczych i Obrony Przeciwlotniczej.
Dowództwo armii Dowódca: gen. płk Konstantin Wierszynin (07.05.1942 — 08.09.1942) gen. mjr Nikołaj Naumienko (8.09.1942 — 01.05.1943) gen. płk Konstantin Wierszynin (01.05.1943 — 05.1946) gen. por. Wasilij Stiepiczew (05.1946 — 09.1948) gen. mjr Dawid Słobożan (07.1950 — 01.1953) gen. mjr Dmitrij Bobrow (07.1979 — 10.1985) gen. mjr Walerij Ogniew (bd. — 03.1992) gen. por. Anatolij Basow (03.1992 — 11.1993) gen. por. Władimir Michajłow (11.1993 — 04.1998)