Historia Korzenie WSTS znajdują się w formach kształcenia realizowanych w Zjednoczonym Kościele Ewangelicznym (ZKE). W 1948 w tym związku wyznaniowym powstała pierwsza szkoła biblijna z siedzibą przy ul. Poznańskiej 13. Kierownikiem był Józef Mrózek jr., odbyły się dwa kursy stacjonarne. Aresztowania duchownych ZKE w 1950 przerwały funkcjonowanie szkoły, władze przejęły też lokal przy ul. Poznańskiej. Przez następne dwa dziesięciolecia szkoła nie działała ze względu na utrudnienia ze strony władz, brak warunków lokalowych, niewielkie zainteresowanie ze strony ówczesnych władz Kościoła. Odbywały się co najwyżej kilkudniowe kursy biblijne dla pastorów i kaznodziejów. Od 4 marca do 31 marca 1968 odbył się 4-tygodniowy kurs. Kierownikiem był Edward Czajko. Wznowienie działalności nastąpiło w 1972. Na kierownika powołano Mieczysława Kwietnia. W 1986 przekształcono Szkołę Biblijną w Seminarium Teologiczne i rozpoczęto organizowanie naboru rokrocznie. W 1982 dyrektorem szkoły został Włodzimierz Rudnicki (od 1997 roku rektor). W 2005 roku rektorem został Piotr Nowak, ze względu na wprowadzenie kadencyjności tej funkcjiHistoria uczelni od 1968, Pentekoste, Nr 9, Maj 2012, s. 28.. W 2024 roku rektorem została Ewa Wasilewska-Kamińska.