left|150px|thumb|Mieczysław Kwiecień, wieloletni wykładowca Od 1989 roku seminarium ma nową siedzibę przy ul. Wybornej 20 i zaczęło kształcenie w trybie trzyletnimHistoria WSTS.
W 1988 roku nastąpił rozpad ZKE. Seminarium Teologiczne ZKE w Warszawie przeszło pod zarząd Kościoła Zielonoświątkowego. W 1997 na mocy ustawy regulującej stosunek państwa do Kościoła Zielonoświątkowego w RP uczelnia została uznana za wyższą szkołę teologiczną typu zawodowego, z prawem nadawania tytułu licencjata teologiiHistoria uczelni od 1968, Pentekoste, Nr 9, Maj 2012, s. 27.. W 2002 zaczęto przyjmować studentów innych uczelni na studia podyplomowe. W marcu 2004 rozpoczęła się rozbudowa bazy dydaktycznej i bazy noclegowej oraz budowa sali wielofunkcyjnej (kaplica, sala konferencyjna). Otwarcie nowej kaplicy i nowych pomieszczeń wykładowych nastąpiło w październiku 2009Inauguracja Roku Akademickiego 2009-2010. Na koniec 2009 studiowało 128 studentów w systemie stacjonarnym i zaocznym.