Twórczość thumb|200px|Strona tytułowa Historia natural y moral José de Acosta publikował wiele dokumentów związanych z Radą prowincji w latach 1567–1583 oraz kilka prac teologicznych. Do najbardziej znanych jego dzieł należą jednak De Natura Novi Orbis, De promulgatione Evangelii apud Barbaros, sive De Procuranda Indorum salute oraz Historia natural y moral de las Indias. Dwa pierwsze dzieła ukazały się w Salamance w 1588 roku, ostatnia w Sewilli w 1590 roku. Korzystając z doświadczenia jego poprzedników Francisco Lopez de Gómara i Oviedo, opisał w Historia natural... historię Nowego Świata, jako pierwszy wspomniał o Cieśninie Beringa oraz sformułował hipotezę pochodzenia rdzennych Amerykanów tłumacząc ich istnienie migracją z kontynentu azjatyckiego. Prócz tego opisał historię Inków i Azteków oraz wiele informacji o zwyczajach rolniczych tubylców.