W swoich pracach zawierał również informacje dotyczące geofizyki, przy czym często krytykował stare poglądy, mające swoje oparcie jeszcze w pracach Arystotelesa. Interesował się zwłaszcza deklinacją magnetyczną, ruchami wód oceanicznych, trzęsieniami ziemi, aktywnością wulkaniczną, klimatem i różnymi zjawiskami meteorologicznymi, przede wszystkim wiatrami. Kwestie związana z deklinacja opisał przy okazji rozważań dotyczących pochodzenia rdzennych Amerykanów. Opisał wówczas użycie kompasu, kąt deklinacji, zmiany deklinacji oraz różnice między północną magnetyczną a geograficzną. Zawarł także opis Azorów jako punktu zerowego w którym deklinacja zmienia znak ze wschodniego na zachodni.
Temat pływów poruszał przy okazji opisu rozmieszczenia lądów i oceanów. Jego zdaniem podstawowym problemem była odpowiedź na pytanie czy pływy są tylko zjawiskiem lokalnym czy też dotyczą wszystkich wód na świecie. Na podstawie danych uzyskanych z obserwacji Cieśniny Magellana Acosta wnioskował, że zmiany pływowe dotyczą wszystkich wód. Nie znalazł jednak odpowiedzi na pytanie co powoduje występowanie zjawiska pływów, udało się tego dokonać dopiero Newtonowi.