6 maja 1942 Kołaczkowski zdał dowództwo „Kościuszkowców” kpt. Walerianowi Żakowi, odchodząc na odpoczynek do Inspektoratu Polskich Sił Powietrznych. Powierzono mu stanowisko zastępcy płk. Stefana Pawlikowskiego – polskiego oficera łącznikowego w Fighter Command. 25 września 1942 powrócił do latania bojowego, obejmując dowództwo 2 Polskiego Skrzydła Myśliwskiego (dywizjony 303, 316 i 317). 26 stycznia 1943 przeniesiony został na dowódcę 1 Skrzydła Myśliwskiego, złożonego z dywizjonów 302, 306, 316 i 317. W czasie lotów nad Francję powiększył swe konto o jedno zestrzelenie prawdopodobne (13 maja 1943 – FW 190) i dwa uszkodzenia (3 i 16 kwietnia 1943 – oba FW 190). 20 sierpnia 1943 rozpoczął pracę w sztabie 11 Grupy Myśliwskiej jako zastępca oficera operacyjnego. 1 kwietnia 1944 trafił do Wyższej Szkoły Lotniczej, gdzie wykładał taktykę lotnictwa myśliwskiego. Dokładnie siedem miesięcy potem, 1 listopada, przeniesiony został do Ambasady Polskiej w Londynie jako attaché lotniczy. Na stanowisku tym pozostał do zakończenia wojny.
W czasie wojny wykonał 249 lotów bojowych. Zdemobilizował się w 1946 jako polski major i angielski Wing Commander.