Niebawem posłano też po księdza Oscara Huberta z parafii Trójcy Świętej, by udzielił ostatniego namaszczenia.

Po śmierci Kennedy’ego pracownicy Białego Domu i członkowie najbliższej rodziny chcieli przewieźć trumnę do Waszyngtonu. Nieoczekiwanie pojawiły się trudności, bowiem koroner dr Earl Rose stwierdził, że zgodę na transport wyda dopiero po przeprowadzeniu autopsji. Policja i szeryf potwierdzili, że takie jest prawo stanowe. Jednak urzędnicy z Białego Domu siłą wyprowadzili trumnę i udali się na lotnisko, po czym niezwłocznie odlecieli do Waszyngtonu. Około 18.00 samolot wylądował w Andrews Air Force Base, a Jacqueline Kennedy, wraz ze swoim szwagrem, prokuratorem generalnym Robertem Kennedym, udała się do Bethesda, gdzie przeprowadzono sekcję zwłok. Wykazała ona duże rany głowy i szyi, opisane jako wylotowe. Ponadto wykazała dwie mniejsze rany wlotowe w tyle czaszki i u podstawy karku. Raport z autopsji stwierdzał, że kule zostały wystrzelone „z punktu znajdującego się z tyłu zabitego i nieco powyżej jego poziomu”. Pogrzeb Johna F. Kennedy’ego odbył się 25 listopada na Narodowym Cmentarzu w Arlington i został ogłoszony dniem żałoby narodowej, a także zamknięto szkoły, urzędy, firmy i odwołano wiele wydarzeń publicznych.