Rektorem kościoła został mianowany pułkownik Antoni Matejkiewicz.
We wrześniu 1939 podczas obrony twierdzy przez wojska polskie kościół został uszkodzony. Gdy na podstawie układu Ribbentrop - Mołotow miasto Brześć zostało włączone do ZSRR i twierdzę zajęły wojska radzieckie obiekt ponownie zmienił przeznaczenie – ulokowano w nim klub garnizonowy 84. Pułku Strzelców Armii Czerwonej. Podczas walk o twierdzę brzeską w 1941 roku pomiędzy Niemcami i Sowietami świątynia została uszkodzona. W 1972 roku zamieniono ją w trwałą ruinę będącą częścią zespołu pomnikowego. Świątynię w latach 1991-2005 odbudowano z przeznaczeniem na cerkiew prawosławną rekonstruując neobizantyjską formę z lat 1876-1924.
Dolna cerkiew w soborze została wyświęcona 11 sierpnia 2012 r. pod wezwaniem św. Jana Rycerza.
W 2014 roku wybudowano dom parafialny z dzwonnicą według projektu W. N. Kazakowa.
We wnętrzu zachowała się częściowo zniszczona ambona z piaskowca z 1928 roku.
Zobacz też Cerkiew św. Mikołaja w Brześciu (nieistniejąca) Cerkiew św.