W 1775 r. kupiec Wesenberg wybudował tu statek. U ujścia rzeki w zachodniej części portu znajdowały się warsztaty szkutnicze. Między innymi w 1781 r. zbudowano tam żaglowiec Marie Charlotte wartości trzynastu tysięcy talarów, a w 1802 r. galeon Atalanta o wartości dziesięciu tysięcy talarów. Fale morskie i piasek atakowały coraz silniej infrastrukturę portową w Mrzeżynie, a kupiectwo trzebiatowskie zubożało i nie było już w stanie finansować kosztownej odbudowy portu. O wielkości portu mrzeżyńskiego świadczą resztki zniszczonych falochronów, które w 1861 r. były widoczne, gdy morze, prawdopodobnie na skutek niskiego stanu wody, odsłoniło około 200 metrów dna. Okazało się, że falochrony te były o dwie stopy dłuższe od ówczesnych budowli w Kołobrzegu.
W 2. połowie XIX w. rząd pruski rozważał poważniejszą rozbudowę portu w Mrzeżynie. Plan ten jednak nie wyszedł poza strefę zamierzeń. W latach 1873–1884 potężne sztormy z północnego zachodu, połączone ze spiętrzeniem wód Bałtyku spowodowały zalanie całej wioski i przyległych nizin.
Po opuszczeniu Mrzeżyna przez marynarkę wojenną port pozostał do wyłącznej dyspozycji kilkunastu rybaków, którzy wykorzystywali jedynie niewielki fragment nabrzeży.