W 1964 r. Minister Żeglugi formalnie ustalił granice portu morskiego w MrzeżynieRozporządzenie Ministra Żeglugi z dnia 30 grudnia 1963 r. w sprawie ustalenia granicy terytorialnej morskiego portu rybackiego w Mrzeżynie. (). Port podlegał pod Urząd Morski w Szczecinie.
Pod koniec lat 60. przeprowadzono generalną przebudowę i modernizację portu.
W 2007 roku władze gminy Trzebiatów i Urząd Morski w Szczecinie planowały przebudowę wejścia do portu, a także rozbudowę mariny jachtowej.