W kościele pierwotnie znajdowało się epitafium zmarłego w 1558 roku starosty sanockiego Sebastiana Lubomirskiego. Zostało znalezione podczas budowy nowego kościoła Przemienienia Pańskiego i następnie przeniesione do niego (znajduje się w świątyni przy prawym ołtarzu)„Z tego niegdyś większego grobowca dochowała się część środkowa, to jest postać rycerza, kuta w kamieniu. Fragment ten wykopano na placu św. Michała na miejscu pierwotnego kościoła parafialnego, gdyż obecny kościół, wybudowany w 1879 r., wzniesiono nieco dalej. Styl zabytku oraz napis przytoczony przez Starowolskiego popierają tę hipotezę.” w: Kwartalnik historyczny. Towarzystwo Historyczne (Lwów), Polskie Towarzystwo Historyczne, Instytut Historii (Polska Akademia Nauk) t. 20, s. 380. 1906; Sprawozdania z czynności i posiedzeń, PAU t. 11, s. 1 – Komunikat Stanisława Zarewicza.
Od 1723 zyskał tytuł kościoła prepozyturalnego„W roku 1723 przy kościele parafialnym powołano kolegium księży mansjonarzy, ufundowane przez ks. Franciszka Józefa Goźlińskiego, gdyż „miasto Sanok było znaczącym w diecezji” (Sanok. Materiały do dziejów miasta do XVII w., Adam Fastnacht, opracowanie Feliks Kiryk, s. 300).