Widząc Zespół R domyśla się, że jego kryjówka nie jest już bezpieczna, więc postanawia ewakuować swoje Pokemony w bezpieczne miejsce. Jessie i James zostają zamknięci w celi wewnątrz góry (która znajduje się na wyspie), zaś Meowth oraz Pikachu dołączają do uciekinierów.
W tym samym czasie Ash z Misty, Brockiem, Cullenem i Luną docierają do miejsca, gdzie rozbił się balon Zespołu R. Przypadkiem trafiają tam na źródło rzeki Purity oraz na mnóstwo niezwykle pięknych okazów Pokemonów. Jednocześnie Giovanni ze swoimi ludźmi osacza Mewtwo i jego podopiecznych, po czym próbuje zmusić ich do poddania się. Uciekinierzy stawiają mu opór, więc Domino na czele całego oddziału agentów atakuje wyspę oraz mieszkające tam Pokemony. Łapie również Asha i jego przyjaciół. Mewtwo widząc to zawraca wraz ze swoim klonami oraz Meowthem i Pikachu na wyspę, by ocalić więźniów Domino. Nie może tego osiągnąć, więc ostatecznie poddaje się Giovanniemu, który umieszcza go w specjalnej maszynie mającej uczynić z Mewtwo niewolnika, ten jednak broni się przed zniewoleniem siłą swego umysłu. Domino na polecenie szefa zakłada na wyspie nową bazę ich organizacji oraz zmusza Jessie i Jamesa do pastowania podłóg, zaś Asha i jego kompanów zamyka w celi wewnątrz góry.