Zachowanie Giovanniego doprowadza jednak do ataku Pokemonów robaków oburzonych niszczeniem ich naturalnego środowiska. Wskutek tego ataku Domino oraz jej ludzie zostają chwilowo pokonani, zaś Ash i reszta odzyskują wolność. Z trudem udaje im się uwolnić Mewtwo z maszyny Giovanniego, ale podły milioner nie zamierza wypuścić swego jeńca. Ketchum zabiera więc Mewtwo do źródła Purity i zanurza go w nim, dzięki czemu Pokemon odzyskuje siły, po czym wykorzystując swoje moce psychicznie pokonuje Giovanniego, a następnie przenosi źródło rzeki razem ze swoimi podopiecznymi oraz przyjaciółmi w bezpieczne miejsce. Chce również wykasować wszystkim uczestnikom wyżej ukazanych wydarzeń pamięć, by nigdy o nich nie pamiętali, ale Meowth nie wyraża na to zgody i swoją argumentacją przekonuje Mewtwo do zmiany zdania. Pokemon więc usuwa wspomnienia niedawnych przeżyć jedynie Giovanniemu, Domino i ich ludziom. Następnie Ash, Pikachu, Misty, Brock oraz Zespół R odlatują na dwóch balonach ku nowym przygodom. Luna Carson i Cullen Calix (których połączyła miłość) wracają do domu Luny, by kontynuować swoje badania na temat rzeki Purity. Mewtwo z ukrycia obserwuje nową wędrówkę Asha i zapowiada, że zawsze będzie jego przyjacielem.