12 lipca 2001 otrzymał nominację na stanowisko ministra spraw wewnętrznych w rządzie Algirdasa Brazauskasa. Pełniąc tę funkcję, oskarżył nadkomisarza policji Vytautasa Grigaravičiusa o tolerowanie bezprawnego zbierania przez funkcjonariuszy informacji o najwyższych urzędnikach państwowych. Specjalnie powołana komisja sejmowa do zbadania tej sprawy stwierdziła, że oskarżenia ministra były bezpodstawne. Juozas Bernatonis przyznał się do błędu i podał się do dymisji. Została ona przyjęta przez prezydenta Rolandasa Paksasa 28 kwietnia 2003.

W 2004 ponownie został wybrany do Sejmu, z listy koalicji Litewskiej Partii Socjaldemokratycznej i Nowego Związku. W latach 2005–2006 był doradcą premiera Algirdasa Brazauskasa ds. polityki wewnętrznej, a w 2006 głównym doradcą premiera Gediminasa Kirkilasa.

2 października 2006 został powołany na stanowisko ambasadora Litwy w Estonii, zrzekając się mandatu poselskiego. Po zakończeniu kadencji powrócił do działalności politycznej. W 2012 ponownie uzyskał mandat poselski.