Przez następne 700 lat kościół Świętych Apostołów był, po kościele Mądrości Bożej, drugą co do ważności świątynią Konstantynopola. Jednakże podczas gdy Wielki Kościół stał w najstarszej części miasta, kościół Świętych Apostołów stał w centrum jego nowszej części. Znajdował się przy przechodzącej przez całe miasto ulicy Mese (Środkowej) i z tego względu był najbardziej uczęszczanym kościołem stolicy. Większość cesarzy bizantyjskich oraz wielu patriarchów Konstantynopola i biskupów zostało pochowanych w jego wnętrzu, a ich szczątki były czczone przez prawowiernych przez stulecia.
Najcenniejszymi relikwiami kościoła były czaszki mające należeć do świętych Andrzeja, Łukasza i Tymoteusza; jednakże znajdowały się tam również relikwie świętego Jana Chryzostoma oraz innych ojców kościoła, świętych i męczenników. W kościele znajdował się również fragment kolumny uznawany za część „Kolumny Biczowania”, do której przywiązano Jezusa w trakcie biczowania. Przez lata kościół zgromadził ogromne ilości złota, srebra oraz drogich kamieni darowanych mu przez wiernych.