thumb|Miniatura z XI wieku przedstawiająca umieszczenie zwłok św. Jana Chryzostoma w kościele Świętych Apostołów W IX wieku został odnowiony i prawdopodobnie powiększony przez cesarza Bazylego I Macedończyka. W X wieku Konstantyn z Rodos stworzył, w formie wiersza, Opis budynku Apostołów, który zadedykował Konstantynowi VII Porfirogenecie. Bazylika została złupiona podczas niesławnej IV krucjaty w 1204. Historyk Niketas Choniates odnotował, iż krzyżowcy splądrowali cesarskie grobowce, okradając zwłoki ze złota i drogich kamieni. Nie oszczędzili nawet grobowca cesarza Justyniana Wielkiego. Grobowiec cesarza Herakliusza został otwarty, a jego złotą koronę zerwano mu z głowy razem z włosami zmarłego władcy. Niektóre z tych skarbów zabrano później do Wenecji, gdzie można je wciąż oglądać w bazylice św. Marka.
Kiedy w 1261 Michał VIII Paleolog odbił miasto z rąk krzyżowców, wzniósł on w kościele figurę Archanioła Michała, aby uczcić to pamiętne wydarzenie oraz siebie samego. Na początku XIV wieku za panowania cesarza Andronika II Paleologa kościół ponownie odnowiono. W późniejszym okresie przestał on jednak być remontowany ze względu na postępujący upadek Cesarstwa Bizantyjskiego oraz zmniejszanie się liczby mieszkańców stołecznego Konstantynopola.