Florentyńczyk Cristoforo Buondelmonti widział zniszczony budynek kościoła w 1420 roku.

W 1453 roku Konstantynopol upadł pod naporem Turków. Wtedy to zamieniono kościół Mądrości Bożej w meczet, a sułtan Mehmed II rozkazał ekumenicznemu patriarsze Gennadiuszowi II Scholarowi przenieść się do kościoła Świętych Apostołów. Z tego względu przekształcił się on w centrum ortodoksyjnego kościoła greckiego. Jednakże okolica kościoła została wkrótce zasiedlona przez znaczną ilość Turków i z tego powodu ogromny oraz centralnie położony budynek, znajdujący się wciąż w rękach chrześcijan, zaczął drażnić muzułmanów. Z tego powodu Gennadiusz zdecydował się przenieść katedrę patriarszą do kościoła Matki Bożej Pammakaristos, znajdującego się w głównej chrześcijańskiej dzielnicy miasta – Fanarionie.

Mehmed II nie zdecydował się na przekształcenie kościoła w meczet, lecz postanowił go zburzyć. Na jego miejscu wybudował zaś nową świątynię (Meczet Fatih), która wciąż znajduje się na miejscu dawnego kościoła Świętych Apostołów.