Kościół św. Szczepana w Wilnie – późnorenesansowy kościół w Wilnie zbudowany w latach 1600–1612.
Historia Kościół św. Stefana Patronem kościoła jest diakon, św. Stefan (Stefanos Protomartyr) zwany na ziemiach polskich, św. Szczepanem. ( Kościół św. Stefana - Wilno. Przewodnik krajoznawczy Juliusza Kłosa, Prof. Uniwersytetu St. Batorego. Wydanie trzecie poprawione po zgonie autora. Wilno, 1937. S. 193—194.) był jednym z pierwszych zbudowanych na wileńskim przedmieściu. Powstał staraniem jezuity ks. Szymona Wysockiego. Pierwotnie pełnił funkcję świątyni szpitala św. Łazarza. Z czasem wokół obiektu powstał cmentarz, na którym początkowo grzebano ofiary zarazy i głodu, a później też osoby szanowane i zasłużone dla miasta m.in. niektórych profesorów Uniwersytetu Wileńskiego.
W 1715 roku przy kościele św. Stefana powstał dom zakonny Bractwa św. Rocha, rzymskokatolickiego męskiego zgromadzenia opiekującego się chorymi. Później tj. w 1752 za sprawą ks. Józefa Stefana Turczynowicza przy kościele utworzony został rzymskokatolicki dom zakonny Mariawitek. Siostry Życia Maryi opiekowały się świątynią do 1864.