W 1794 roku, podczas bombardowania miasta przez wojska rosyjskie, kościół spłonął. Klasztor został zrujnowany, a następnie odbudowany ze środków sióstr mariawitek. Odbudowano go według projektu architekta Pietro Rossiego w latach 1801–1806 między innymi dzięki wsparciu finansowemu ze strony cara Pawła I, który będąc w Wilnie ofiarował 3 tysiące rubli w srebrze na jego restaurację.
W 1864 roku nakazem władz carskich skasowano zakon mariawitek, a zabudowania kościelne i klasztorne przekształcono w więzienie. W 1926 roku przykościelny klasztor nabył cech kamieniarzy z przeznaczeniem na magazyn. Wokół kościoła na dawnym cmentarzu powstał skład materiałów budowlanych.
W okresie międzywojennym w kościele odbywały się nabożeństwa. Po II wojnie światowej władze sowieckie ich jednak zakazały. Świątynia została zamknięta i taką pozostaje do dziś.
W latach 1975–1976 kościół został wyremontowany. Ponownie obiekt restaurowano na początku XXI wieku.
Architektura Kościół św. Stefana posiada cechy późnego renesansu przechodzącego we wczesny barok, nie posiada wieży. Jest z zewnątrz bardzo skromny, posiada profilowany gzyms i wnęki pomiędzy pilastrami. Nie posiada bogatych dekoracji zewnętrznych.